Área de conservación preventiva
Se encarga de la aplicación de la política de conservación preventiva del Archivo, tendente a asegurar unas condiciones de conservación idóneas que eviten el deterioro de la documentación, desarrollando funciones como monitoreo de condiciones ambientales, principalmente temperatura y humedad relativa, coordinación de la aplicación de planes para la recuperación de catástrofes, elaboración de informes sobre el estado de conservación de fondos objeto de transferencia, valoración de propuestas de fondos que deben ser restaurados, y transmisión de las mismas al Área de Restauración.

Área de Restauración
La finalidad principal de esta área es la programación y ejecución de las tareas encaminadas a la recuperación de la documentación que haya resultado dañada o cuyo estado de conservación sea deficiente.

En ella se aplican procesos de análisis de tinta y papel, limpieza química, lavado en seco, baño, secado, injerto, reintegración, laminado, entre otros.

Área de Tecnologías de la Información y la Comunicación
Esta área asegura la dotación más adecuada posible de hardware, software, mobiliario y consumibles relacionados con las tecnologías de información y comunicación. Se encarga del mantenimiento de líneas y redes de comunicación, así como el mantenimiento de equipos y aplicaciones informáticas, incluyendo los servicios Web.

Área de Reproducción de documentos
Tiene por función la elaboración y ejecución de planes de reproducción de fondos con fines de conservación y coordinación de proyectos de reproducción de fondos con fines de conservación y/o divulgación. Esto incluye el trabajo con microfilmación, fotocopiado y digitalización.

Unidad de Encuadernación
Esta unidad ofrece servicios de encuadernación a todas las dependencias del Archivo, principalmente al mismo departamento de Conservación y Servicios Técnicos, al Departamento de Hemeroteca y Biblioteca, al Departamento Administrativo y Financiero y al Departamento de Materiales Especiales.

Se presta especial atención a los requerimientos de los departamentos de Descripción y de Referencias en cuando a la fabricación de guardas y contenedores utilizados en la conservación de los legajos de documentos históricos que conserva la institución.

Unidad de Acondicionamiento de Depósitos
El personal que compone esta Unidad tiene la responsabilidad de realizar las labores regulares de mantenimiento y limpieza de los veintidós depósitos del AGN y de realizar reacondicionamiento de los depósitos que lo requieran, incluyendo en este proceso la reubicación de baldas, reenvoltura y limpieza profunda.

Unidad de Reparaciones Menores
Esta Unidad se ha establecido con el propósito de apoyar directamente los esfuerzos de digitalización de documentos que realiza el AGN. Se asegura de determinar que los fondos documentales extraídos de los depósitos para digitalización resistan la manipulación que conlleva el proceso. A los materiales que con pequeñas reparaciones se puedan manejar se les aplican procedimientos de reparación menor y los que no, se devuelven a los depósitos hasta tanto se puedan someter a procesos de restauración.